RO  EN
IMI/Noutăţi/2010/

Seminar la informatică în regim de teleconferinţă (modificat)

Raportor: dr. V. Rogojin, Finlanda.
Tema: Formal reasoning on gene assembly in ciliates – an example of Natural Computing.
Sesiuni: Locul desfăşurării: Sala de Conferinţe (of. 340) a IMI al AŞM.
Mod de organizare a seminarului: prezentarea si comunicarea prin Skype.
Limbi: diapozitive – engleză, prezentare – rusă.
Materialele seminarului: vor fi accesibile online.

Abstract:

Procesul complex de manipulare a moleculelor ADN în timpul de asamblare a genelor în ciliate Stichotrichs este un exemplu elegant de procese computaţionale ce au loc în natură. Ciliatele sunt unele dintre cele mai vechi şi diversificate grupuri de eukariote (organizme unicelulare cu nucleu). Ciliatele au două tipuri de nuclee funcţional diferite: micronuclee şi macronuclee. Genele micronucleare sunt împărţite în fragmente separate cu segvenţe nucleotide nesemnificative, iar genele macronucleare sunt organizate pe moleculele ADN scurte în format continuu. În timpul de asamblare a genelor toate fragmentele genelor micronucleare sunt aranjate întro ordine otrodoxă şi sunt asamblate unul cu altul ca să formeze gene integre macronucleare. În acelaşi timp, toate secvenţele nucleotide nesemneficative sunt eliminate. Procesul de asamblare a genelor în ciliate are un "miros computaţional": acest proces poate fi comparat, spre exemplu, cu sortarea structurilor de date ce corespund listelor conectate. În cadrul sesiunilor seminarului vom studia proprietăţile computaţionale ale procesului de asamblare a genelor: vom arăta cum pot fi aplicate la analiza unui proces biologic metode matematice şi informatice, de asemenea vom arăta că și procesele biologice pot fi foloste la soluționarea unor probleme matematice (de exemplu, proecuslui biologic de asamblare a genelor în ciliate).

Abstract (în rusă):

Сложные манипуляции молекул ДНК во время сборки генов в Силиатах Стикхотрикс являются элегантным примером вычислительных процессов которые происходят в природе. Силиаты представляют одну из самых древних и разнообразных групп эукариотов (одноклеточных ядерных огранизмов). У каждой силиаты присутствуют по два разных функциональных типа ядра: микроядра и макроядра. Микроядерные гены разбиты на множество фрагментов которые перемешаны и отделены друг от друга некодирующими нуклеотидными последовательностями. В тоже время, макроядерные гены организованы на коротких ДНК и представляют собой цельные нефрагментированные нуклеотидные последовательности. Во время сборки генов, их микроядерные фрагменты сортируются и склеиваются вместе, образуя таким образом цельные макроядерные гены. Все некодирующие последовательности удаляются. Процесс сборки генов в силиатах может быть представлен как вычислительный процесс, а именно, как процесс сортировки структур данных связных списков. В течение наших лекцый мы сконцентрируемся на вычислительных своиствах процесса сборки генов в силиатах, на примере этого процесса мы рассмотрим как различные математические и вычислительные методы могут быть использованны для анализа свойств биологических систем и, наоборот, как можно использовать биологические системы чтобы решать математические задачи (как минимум теоретически).

Desfăşurarea teleconferinţei: